В соответствии ст.37 Закона О введении в действие Кодекса Республики Казахстан «О налогах и других обязательных платежах в бюджет»   (далее -Налоговый   кодекс) действие статьи 412 Налогового кодекса до 1 января 2019года устанавливает, что счет-фактуру в электронной форме обязаны выписывать налогоплательщики, осуществляющие реализацию или вывоз из Республики Казахстан товаров, включенных в Перечень изъятий; налогоплательщики, подлежащие налоговому мониторингу;  налогоплательщики, являющиеся в соответствии с таможенным законодательством Республики Казахстан уполномоченным экономическим оператором, таможенным представителем, таможенным перевозчиком, владельцем складов временного хранения, владельцем таможенных складов; налогоплательщики, осуществляющие международные перевозки грузов.

Еще одна категория налогоплательщиков, которые с 1 января 2017 года обязаны при реализации товаров, работ, услуг выписывать счета фактуры в электронном виде определена Законом «О государственных закупках». К ней относятся все налогоплательщики, которые участвуют в государственных закупках.

Вышеуказанные налогоплательщики вправе выписывать счет-фактуру на бумажном носителе только в случаях отсутствия по месту нахождения налогоплательщика в границах административно-территориальных единиц Республики Казахстан сети телекоммуникаций общего пользования и возникновения в информационной системе электронных
счетов-фактур технических ошибок, подтвержденных уполномоченным органом.

После устранения технических ошибок счет-фактура, выписанный на бумажном носителе, подлежит регистрации в информационной системе электронных счетов-фактур в течение пятнадцати календарных дней с даты устранения технических ошибок.

Согласно п.1 ст.413 Налогового кодекса не зависимо от формы выписки (электронный счет-фактура или на бумажном носителе):

-при экспорте товаров в государства не являющиеся членами Евразийского экономического союза (далее – ЕАЭС) счет-фактура должен быть выписан не позднее двадцати календарных дней после даты совершения оборота по реализации;

- в остальных случаях счет-фактура должен быть выписан не ранее даты совершения оборота по реализации и не позднее пятнадцати календарных дней после такой даты.

Когда как п.2 ст.453 Налогового Кодекса в случае экспорта товаров с территории Республики Казахстан на территорию другого государства-члена ЕАЭС определены разные сроки выписки счет-фактуры на бумажном носителе – не ранее даты совершения оборота и не позднее семи календарных дней после даты совершения оборота по реализации; в электронной форме – не ранее даты совершения оборота и не позднее двадцати календарных дней после даты совершения оборота по реализации.

Кроме того, при реализации импортером товаров, ввезенных с территории государств-членов ЕАЭС на территорию Республики Казахстан для выписки счет-фактуры в электронной форме п.6 ст.453 Налогового Кодекса установлен срок не позднее двадцатого числа месяца, следующего за налоговым периодом. 

На территории Республики Казахстан документооборот счетов-фактур, выписываемых в электронной форме регулируется Правилами, утвержденными приказом Министра финансов Республики Казахстан от 12 мая 2017года № 301.

Вместе с тем, в соответствии с Решением Евразийского Межправительственного Совета от 12.08.2016г. №5 при перемещении с территории Республики Казахстан на территории других государств-членов ЕАЭС  товаров, входящих в Перечень изъятий, в качестве товаросопроводительного документа признается бумажная копия электронного счета-фактуры, которая  заверяется печатью органа Комитета государственных доходов МФ РК (на территории Павлодарской области - ДГД по Павлодарской области), а также сопровождается одним из следующих документов:

-копия таможенной декларации, заверенная печатью ОГД МФ РК – при перемещении товаров, ранее ввезенных из третьих стран по ставкам ЕТТ ЕАЭС;

-оригинал сертификата о происхождении товаров формы СТ-1 – при перемещении товаров, произведенных на территории РК;

-оригинал сертификата о происхождении товаров формы СТ-KZ – при перемещении товаров, произведенных на территориях свободной экономической зоны и свободных складов;

-копия заявления о ввозе товаров и уплате косвенных налогов – при перемещении товаров, ранее везенных из других государств-членов ЕАЭС.

Следует отметить, что в соответствии со ст.280-1 Кодекса об административных правонарушениях Республики Казахстан за нарушение порядка выписки счетов-фактур, а также нарушение системы учета перемещения товаров, включенных в перечень изъятия предусмотрена административная ответственность:

-при не выписки налогоплательщиком счета-фактуры в электронной форме в первый раз в виде предупреждения. При повторном совершении в течение года штраф на субъектов малого предпринимательства– 40 МРП, на субъектов среднего предпринимательства – 100 МРП, на субъектов крупного предпринимательства – 150 МРП;

-при выписки налогоплательщиком счета-фактуры в электронной форме с нарушением срока в первый раз в виде предупреждения. При повторном совершении в течение года штраф на субъектов малого предпринимательства - 20 МРП, на субъектов среднего предпринимательства – 50 МРП, на субъектов крупного предпринимательства – 100 МРП;

-при отсутствии заверенных печатью органов государственных доходов товаросопроводительных документов, оформление которых предусмотрено при вывозе за пределы территории Республики Казахстан товаров, включенных в перечень в нарушение системы учета перемещения товаров, влечет штраф – 50 МРП. При повторном совершении в течение года после наложения административного взыскания, влечет штраф в размере 100 МРП.